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A Fapesb apóia projetos em todas áreas, no entanto, algumas delas merecem atenção especial, devido à importância que têm para os avanços sócio-econômicos do Estado. Essas áreas são chamadas de prioritárias e foram escolhidas a partir da Política de Ciência, Tecnologia e Inovação (C&T) do Estado. Governo, Academia, Ongs e empresários, discutiram e aprovaram, junto ao Conselho Estadual de Ciência e Tecnologia, uma política legítima e democrática. Identificadas através dos objetivos e estratégias desta política, as áreas prioritárias estão distribuídas em setores produtivos fortes que precisam ser aprimorados ou em áreas nascentes que necessitam de um apoio maior.
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