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A Diretoria Executiva da Fapesb é composta pela Diretoria Geral, Diretoria Científica, Diretoria de Inovação e Diretoria Administrativo e Financeira.
A coordenação das atividades de fomento à ciência está a cargo da Diretoria Científica. Já a Diretoria de Inovação é responsável por coordenar as atividades de fomento à tecnologia e inovação. A Diretoria Administrativo e Financeira executa as atividades de administração geral, orçamentária, financeira e contábil. As três estão vinculadas à Diretoria Geral.
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