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 A participação dos setores representativos da sociedade baiana nas decisões da FAPESB se dá através da existência de um Conselho Curador, que faz parte da estrutura administrativa da fundação. Formado por doze membros, o Conselho Curador é constituído por representantes de institutos e centros de pesquisa, de universidades, do setor empresarial e da administração pública. Os conselheiros têm o papel de orientar e decidir as prioridades da política científica do Estado. Além disso, o Conselho é responsável por aprovar a programação anual de atividades da FAPESB, os critérios que orientam a concessão de apoio técnico e financeiro, as propostas orçamentárias, a solicitação de créditos adicionais, e a celebração de contratos.
Os candidatos ao Conselho são nomeados em listas tríplices elaboradas a partir de uma consulta pública, realizada pelo secretário de ciência e tecnologia com dirigentes dos principais centros de ensino superior, pesquisa científica e tecnológica. A lista de conselheiros possui dois representantes da Secretaria de Ciência, Tecnologia e Inovação (SECTI) e dois representantes da FAPESB. Assim também são representadas, a administração pública estadual, as instituições federais de ensino superior, as universidades estaduais, as universidades particulares, os institutos e centros de pesquisa estaduais e a comunidade científica, que possuem dois representantes cada. A atual composição atuará entre 2005 e 2008.
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