O ano de 2002, marca a celebração do primeiro ano de atividades da Fapesb. Neste ano a fundação foi construída e instalada com a missão de encurtar o caminho para a superação das desigualdades regionais. Sob uma perspectiva histórica, o primeiro ano de atividades foi um tempo de continuidade e síntese, já que desde 1991 o Governo da Bahia se debruçava sobre o desafio de fortalecer a pesquisa local, criar redes de articulação, estimular a ciência e o ensino e de aportar recursos nas iniciativas dirigidas à inovação e ao fortalecimento das cadeias produtivas locais. O Centro de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CADCT) foi o órgão que antecedeu a FAPESB na tarefa de prestar serviços à ciência, à tecnologia e à inovação baianas.
A criação da Secretaria de Ciência, Tecnologia e Inovação (SECTI) marcou o ano de 2003. Este foi o ano em que a Fapesb viveu um excelente momento de aperfeiçoamento administrativo e cientifico. No seu segundo ano, o crescimento do volume de solicitações recebidos pelos diversos programas e modalidades de apoio dimensionou a visibilidade social das ações da Fapesb.
Em 2004, a Fapesb continuou progredindo em sua estruturação como agência de fomento, tendo como objetivos principais o aprimoramento do processo de seleção, o direcionamento do estímulo a projetos de pesquisa em áreas prioritárias e o processo de interação pesquisa- empresa.
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